X虽然脱离了黑魔法，但是他失忆了，对于之前发生的事，他很困惑，很想知道。但是周围的人对此讳莫如深，这让X有种强烈的不被信任的感觉，因此他常常陷入痛苦。虽然，表面上风平浪静，但是他内心其实很孤独，他渴望知道一切。同时，小美在魔法学校继续学习魔法，她非常渴望拥有更强大的魔法，这样她就可以更好的保护大家，但练习的过程中，她又时常搞出一些乱子，让校长很头疼。小夏就要离开魔法学校，回到自己的世界里去。但是，他发现照片上的自己变得模糊，这意味着历史正在被改变，原来是X忠诚的小跟班小不点盗走了卷轴，释放了黑魔法。这也意味着，Z被放了出来，并且会慢慢复活。为了阻止这一切发生，小美，Y，X和小夏开始了一段新的旅程。

数学有一种神奇的力量，那些懂得数学道理的人比便可以使用那神秘的数学魔法。他们为了后代开始收集世界上一切的数学知识，包含着所有数学知识的圣杯就此诞生。圣杯象征着支配世界的力量，出现了一位领悟了强大的黑魔法的Z他占领了圣杯，将世界变成了一片混乱和黑暗。当时，传说中的大数学魔法师出现，封印了黑魔法，使世界恢复成了原来的面貌，并与圣杯一起销声匿迹。